药师咒原文：
南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薛琉璃。
钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也。
阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。
唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃。
药师灌顶真言注音：
nā mó bó qié fá dì。pí shā shè。jù lǔ bì liú lí。
南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薛琉璃
bō lá pó。hé là shé yě。dá tuō jiē duō yě。
钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也
ā là hē dì。sān miǎo sān bó tuó yě。dá zhí tuō。
阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他
ōng。pí shā shì。pí shā shì。pí shā shè。sān mó jiē dì suō hē。
唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃
发音注解：
南谟：读作(nā那 mó摩)，或读(ná拿 mó摩)(今人读此音居多)，是“南无”的不同音译词。
薄：读音为(bó伯)。
鞞：有三种读法：(pí皮)、(bǐ比)、(bǐng丙)。这里念(pí皮)比较合适。因鞞通毗，“鞞杀社”，也译成“毗煞社”;“阿鞞跋致”，也译成“阿毗跋致”;“鞞嚧社那”，也译成“毗卢舍那”。(见《佛学大辞典》。)
窭：读作(jù巨)。
薛：读(bì毕)。
喇：古读(là辣)，见《康熙字典》、《中华大字典》：音辣。今读(lǎ)(lā)(lá)。
喝啰阇也：此句中的“喝”，应读成(hé合)，古音“合”。
阿啰喝帝：此句中的“喝”，通“诃”，所以应该读作(hē诃)。
啰：各地多读成(là辣)，此字与喇通假。
阇：读作(shé蛇)。
怛(dá答)他(tuō拖)揭多也。
怛(dá答)侄(zhí直)他(tuō拖)。
唵：读(ōng嗡)或读(ǎn俺)。藏语系佛教读(ōng嗡)音，汉语系佛教多读(ǎn俺)音。
三没(mó古音模)揭帝莎(suō通娑)诃。
功德简介：
此咒有大威德，若能念诵药师真言，即可消除病苦，延年益寿。如言：“曼殊师利!若见男子女人有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食，或药，或无虫水。咒一百遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭。若有所求，志心念诵，皆得如是，无病延年。命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提”。此言于此真言若自诵，若教人诵，皆得消灾获福者也。
“药师灌顶真言”治理众生，使得消灾免难、去病却苦。修持读颂能拔一切业障、护持身心安康、得无量福慧。
由于药师如来的弘深誓愿，无尽功德，一方面促使众生早成佛道，另一方面也能满足众生现世的安乐和福报。清朝的玉琳国师一读《药师经》，便额手失声，愿人人入如来的愿海。国师的《药师经》题语说：“予见世人顺境沦溺者不一，富贵可畏甚于贫贱。今此如来，使人所求如愿，遂从此永不退道，直至菩提。则欲于王臣长者，一切人中，作同事摄，不乘如来愿航，何从济乎?”
又说：“若于现前富贵功名，未能志清，男女饮食之欲，未知深厌，则于往生法门，未易生信。即信矣，身修净土，而心恋娑婆，果何益乎?则求其不离欲钩，而成佛智，处于顺境，不致沦胥者，固无如修持药师愿海者之殊胜难思也。若能信行，久久不懈，知不独富贵功名，转女成男，难危迪吉，如如意珠，随愿成就。即得于一切成就处，直至菩提，永不退转，何幸如之!人间亦有扬州鹤，但泛如来功德船。”
