南京栖霞寺坐落在南京市东北的长江南岸的栖霞山中峰西麓。南齐永明元年（483年），隐士明僧绍舍宅为寺，称“栖霞精舍”，后成为江南佛教三论宗的发祥地。
三论宗是中国隋唐时代佛教宗派。因据印度龙树 《中论》、《十二门论》和提婆《百论》三部论典创宗而得名。又因其阐扬“一切皆空”、“诸法性空”而名空宗或法性宗。后秦鸠摩罗什传译《三论》，盛倡龙树、提婆之学，为创立三论宗奠定了理论基础。后来，南朝刘宋时僧朗将鸠摩罗什、僧肇的学说传入江南。僧朗弟子僧诠，僧诠门人法朗，数代相传，教义渐趋成熟。法朗门人吉藏集鸠摩罗什、僧肇、僧诠、法朗等人的三论学说的大成，创立三论宗。吉藏门下有慧远、硕法师等，硕门人有元康，继续弘扬“三论”。但是流行不久，该宗即渐趋衰微。
栖霞寺唐代时称功德寺，增建了殿宇40余间，规模很大，与山东长清的灵岩寺、湖北荆山的玉泉寺、浙江天台的国清寺并称天下四大丛林。
清咸丰年间毁于火灾。清光绪三十四年（1908年）重建，现主要建筑有山门、天王殿、毗卢殿、摄翠楼、藏经楼等，为南京地区最大的寺庙。
现存寺院建筑为清光绪三十四年（一九○八年）由寺僧宗仰重建。寺院倚山势而缓上，背倚千佛岩，四周层峦拱萃，万壑堆石，雄奇肃穆，气象万千。进山门拾级而上为弥勒殿、毗卢殿、法堂，最高处为藏经楼。藏经楼佛龛中供奉一尊用整块汉白玉雕成的玉佛，据传来自缅甸，极为珍贵。
栖霞寺所在的栖霞山还为金陵著名风景佳丽处。每值深秋，漫山枫叶红遍，层林尽染，如霞栖山，“霜叶红似二月花”。
