留云禅寺山门
南翔寺五代砖塔（左塔）正面
南翔寺始建于南北朝梁天监四年（505），因有白鹤落脚于此，而由德齐和尚募建成寺，寺成之日，白鹤南飞，此即命名为“白鹤南翔寺”。此后，因寺而成市，商贾云集，汇而成镇，甲于四方，成为江南名镇。唐开成年间（836—840），由行齐和尚募化，大护法莫少卿舍净财重修之，寺基扩至180亩，在籍僧伽700多人，殿宇恢宏，楼阁纷呈，成为南翔寺之中兴。唐咸通、乾符年间（860—879），增建尊胜陀罗尼石经幢二座（现存放于南翔古猗园内）。唐武宗灭佛（842—845），寺被毁焉。
唯五代吴越王钱镠、钱椒，世崇佛法，吉光片羽，犹有存者，故而后周亡宋兴，佛教中兴，并在五代北宋之际（907—1126），重建山门，山门前两侧同时建筑两座砖塔，成为上海古塔中的最古老者。塔前竖有石碑、铭刻有时年107岁的苏局仙手书“南翔双塔”四字。1986年对双塔全面修复，现双塔高11米，灰砖砌筑，仿木结构楼阁式，八面七层，塔底层直径1.86米，每级四面为壶门，四面为直棂窗，设腰檐、平座、栏板；檐下施五铺作单抄单昂斗拱，八角形攒尖灰瓦顶，顶上立相轮、刹杆，宝珠构成的铁铸塔刹，古朴秀美、玲珑典雅。
南宋嘉定十五年（1222）建普同石塔一座，塔高2米余，塔身为六角形，采用多块精致石刻堆砌，基座运用覆莲作须弥座装饰，塔基上多以宝盖，以仰莲承受各层塔座，塔身镌如来佛像和各式花纹文字等。普同塔原坐落于南翔寺九品观的荷花池中，现存放于南翔古猗园荷花池中。南宋绍定、端平年间（1228—1233），理宗赵昀命丞相郑清之作书，赐“南翔寺”题匾，从此将“白鹤南翔寺”改称为“南翔寺”。
明初，姚广孝曾来寺题七律《题南翔寺诗》。此后成为燕王朱棣主录僧的姚广孝，14岁在长洲（现苏州）妙智庵出家为僧，据《吴越访古录》载姚广孝出家后常往来家乡周边同里慧日忏院等寺院参拜，终于明洪武十三年（1380）于47岁时在南京得见燕王朱棣并成为其心腹幕僚。明正统年间，江南巡抚周忱以自俸所蓄，号召地方士绅捐资重修云翔寺；明万历年间徽商任良佑耗其全资十之六七，重修云翔寺。莫少卿、周忱、任良佑三位护法同列画像于大殿外侧廊壁上，以彰其德。直至清初，云翔寺尚具规模。清朝康熙四十二年（1702），在南翔寺出家的敏膺和尚在华山遇到康熙帝，两人相谈甚欢，后敏膺上北京叩见康熙，被康熙赐号“香域禅师”。敏膺请求康熙亲笔为“南翔寺”题额，康熙帝亲书“云翔寺”，“南翔寺”从此更名为“云翔寺”。
明清时代的云翔寺，前有封家浜，左倚横沥，右靠钓浦，后枕师姑浜，以四水为濠，先后共有七座石桥与外界相联，围以坚壁四梁，内聚偌大的寺庙建筑群落，长年积贮大量的粮油物资，完全有固守一时之能力，每遇小型股匪骚扰，自然成为远近乡民的暂避待援之所。清乾隆三十一年（1767）云翔寺遭遇大火，特别是咸丰、同治年间（1851—1875）的浩劫，太平军将云翔寺夷为平地，除宋代双塔，唐代石经幢外无迹可寻。
1998年，经政府批准，在南翔恢复已经毁损了二百多年的云翔寺，并由中国佛教协会会长赵朴初居士为“云翔寺”题匾额。上海南市区原有座创建于清光绪二年（1876）的留云寺，抗战时期毁于战火。2001年，留云寺第六代传人、台湾悟明长老倡议重建留云寺，上海佛教界集合众议，决定由慧禅法师受命在南翔古镇原址西移60米重建留云禅寺，使云翔寺与留云寺合而为一，续接香火。历时三年又五月，仿唐式建筑留云禅寺于2004年建成，总占地面积一公顷，寺庙面积和建筑规模在上海寺庙中堪称第一。
世界佛教僧伽联合会名誉会长、台湾海明禅寺法主和尚悟明长老题写“留云禅寺”匾额。中国佛教协会副会长、上海佛教协会会长、上海玉佛寺方丈觉醒大和尚题写山门联“云留云翔领略几许禅机此地有云散天开真如界；塔内塔外普示无边圆觉是故曰塔影双照解脱门。”上联暗喻留云寺与云翔寺的隆重合并，下联暗指五代砖塔的千年沧桑，是为一绝！
