位于白云山南面山麓登山公路的左侧。广州市白云山建设管理处1995年4月刻石《能仁寺简介》记载：“该寺由幻寄、惟中建于清咸丰、同治年间（按：1851—1874），其地即宋代之玉虹洞（又名‘玉虹涧’），涧上有小隐轩，为李昴英当年解职归隐于文溪（按：今长塘街）后，慕白云山之胜，在此疏泉凿石，辟地为亭，雅集友朋吟唱之所。”同治年间《番禺县志》卷二十四载：“能仁寺在白云寺东南，即旧玉虹洞故址，道光四年（按：1824）建寺，右有虎路泉。”1924年5月17日孙中山先生偕夫人宋庆龄在国民党中央军事部长、建国粤军总司令许崇智，大元帅大本营秘书长古应芬以及邵元冲、黄惠龙、侍卫长马湘等十多人陪同下，浏览了白云山，并在能仁寺小憩。几天后，又返回能仁寺休养。1937年日军侵华，1938年10月广州沦陷，能仁寺被日军烧毁。1993年秋，在广州市人民政府的重视和关心下，于原寺基位置上重建能仁寺，历时一年多竣工。
能仁寺从北朝南，依山势而建，前、中、后共有3座主体建筑，分别是天王殿、大雄宝殿、慈云殿。大雄宝殿左侧建有六祖殿和地藏殿，右侧建有供游人香客小憩的小隐轩。整座能仁寺恢弘雄大，四面环山，树木茏葱，清静肃雅。占地1万多平方米，建筑总面积逾千平方米。
能仁寺的山门，为两柱一门一楼牌坊，五架人字顶，砖、木、石结构。门额为原石，正面阴刻“能仁古寺”，上款“咸丰元年（按：1851）孟冬毂旦”，落款“南海何庭修书”。背面门额阴刻行书“同登彼岸”。
山门后为拾阶而上的幽径，通上前殿—天王殿。天王殿建筑面阔三间，进深两间，回廊周匝。建筑平面总阔10.2米，总深6米，占地61.2平方米。重檐歇山顶，人字封火山墙做法。素瓦盖面，灰色陶塑琉璃瓦筒，琉璃瓦当剪边。梁、柱以及屋顶均用钢筋混凝土捣制，四周檐下施以木斗栱。正门上方悬挂黑漆木匾额，阴刻“金刚法界”4个行书金漆大字。 正间前后开门口。两次间前后墙上安装木雕圆花窗，殿中正面供奉天王金漆塑像一尊，背面供奉韦驮金漆立像一尊。
天王殿左右建有钟楼、鼓楼，各高两层，其建筑形制相似，歇山顶，人字封火山墙，顶尖立陶塑飞龙，八脊飞檐，各吊一个铜风铃。四周檐下施以木斗栱。首层砖砌墙体，长、宽各4米。第二层墙体四面安装有“亚”字形木格活动窗，每面四扇。外围回廊护栏。钟、鼓楼与天王殿以围墙相连。两边围墙各开一山门通内外，天王殿后建有一长走廊，连接钟鼓楼。
天王殿前为宽阔的地坪，面积469平方米，地面铺砌边长0.60少的花岗岩打磨方砖，边缘三面砌有护栏，正面护栏下为石砌挡土坡墙，坡面用水泥塑出“无尘境界”4个红漆大字。
中殿为大雄宝殿，面阔七间，进深五间，回廊周匝。建筑平面总面阔23.4米，总进深15.3米，建筑占地面积358平方米。重檐歇山顶，人字封火山墙。九脊飞檐，正脊塑有三龙，中为蟠龙，左右为飞龙。飞檐上各塑一龙，龙头朝正脊，飞檐下各吊一个铜风铃，素瓦盖面，灰色陶塑琉璃瓦筒，琉璃瓦当剪边，四周檐下施以木斗栱。梁、柱、屋顶均以钢筋混凝土捣制。正间开大门口，大门上方悬挂黑漆木匾额，阴刻“大雄宝殿”4个隶书金漆大字。次间、梢间正面墙上安装“亚”字形木格窗棂，其余三面为砖砌墙体。大雄宝殿占地面积1210平方米，周边地坪铺砌长0.60米的花岗岩打磨方砖，边缘砌筑石栏杆。正面石栏杆下为石砌挡土坡墙。殿内正中供奉三尊金漆立佛像，居中为释迦尼佛，左为药师佛，右为阿弥陀佛。两梢间分别供奉十八罗汉金漆像。
大雄宝殿左边为六祖殿和地藏殿，两殿相连，坐北朝南。面阔六间20.4米，进深两间8米，主殿前带轩廊。硬山顶，人字山墙，以通花陶塑砖装饰瓦脊，前坡顶为重檐，素瓦盖面，灰色陶塑琉璃瓦筒，琉璃瓦当剪边。梁、柱、屋顶为钢筋混凝土捣制。六祖殿正间为大门口，大门口上方悬挂黑漆木匾额，阴刻“六祖殿”3个金漆大字。两次间正面安置“亚”字形木格窗棂，其余三面砌砖墙。正间供奉六祖金漆立像。地藏殿与六祖殿相仿，殿中供奉地藏王金漆立像。大雄宝殿右边为玉虹涧、虎跑泉以及供游人香客小憩的隐轩。
后殿为慈云殿，与大雄宝殿建筑相仿。面阔五间，进深三间，回廊周匝。建筑平总面阔16.2米，总进深10.2米，占地面积165.24平方米。正间大门上方悬挂黑漆木匾额，阴刻“慈云殿”3个隶书金漆大字。殿内供奉观音菩萨金漆佛像及金童玉女像。慈云殿左上方为能仁寺后山门，可通往山顶公园，右方为茗静苑，后方紧靠绿树丛生的山坡，前方为开阔的地坪，慈云殿占地面积540平方米。殿前地坪边缘石栏杆下为石砌挡土坡墙。墙下有一泉眼，名为“甘露”。泉水不断涌出，漫出泉台地面。
能仁寺遗址现属白云山管理局管理，供游人参观浏览。
能仁寺，原来玉虹洞址。玉虹洞以岩壑幽邃，泉石离奇，龙腾象跃，云烟飘缈而为白云山之名洞。南宋李昂英曾在此筑玉虹饮涧亭及小隐轩，结诗社。
据番禺志，能仁始建于道光年四年。然据咸丰三年《重修能仁寺记碑》，其时仅“茆屋数椽，仅避风雨”而已。寺僧了尘，俗称刘四和尚，本顺天贵胄，父兄皆官居总兵，本人亦考中武举。后忽悟“大丈夫不当壮游万里乎！”遂游侠四方，至此地，喜玉虹洞之岩壑幽深，拜吟坚上人为师，并发大原“欲作大观”。经数十年，积殊累寸，终成宏愿，于咸丰元年开工三年落成。光绪十三年，寺僧惟中又大加扩建，扩建后能仁寺的规模为：牌坊（上书“佛境”）、山门（有苏曼 殊所书“金刚法界”额）、大雄宝殿、慈云殿（殿下有“甘露泉”）、地藏殿、三摩地（静室）、无尘地（静室）六祖殿、宝月阁（知客）、钟楼、鼓楼、祖师堂、说法堂、库房、香积橱、斋堂、客堂，尚保留玉虹池旧迹，当时主持僧维中刻石碣于上，寺前水溪即弥勒坑水。寺门后有石桥，题有“流云漂月”四字，传为昔日之虹桥旧迹云，桥下流水湍急，直泻而下，今已渐涸。佛殿侧之虎跑泉仍在，观音殿后现保留甘露井，亦名泉也。民国后由虚云僧主持，香火甚盛，后亦毁于兵灾。
弘扬历史文化，发展我市旅游事业，广州市政府于1993年投资1500万参照旧制重建，恢复的景点有钟鼓楼、大雄宝殿、慈云殿等，于1995年5月对外开放。能仁寺占地面积为10000万平方米，地势三面环山，幽谷深藏，绿树成萌，内有大雄宝殿、慈云殿等庙宇，有佛像34尊，对联11幅，含意深奥，意趣横生。寺里主要古迹有虎跑泉、甘露泉、玉虹池、流云飘月、古桥等，还有抗法英雄黑旗将军刘永福一笔写下的一个高2米宽1米的红色“虎”字，为这个庄严静穆的山寺增添了几分浩气。1924年5月19日孙中山先生揩同夫人曾到此游览，1966年，日本青年代表团曾来这里栽下了一片樟树 ----“中日青年友谊林”。
能仁寺是白云山恢复文物古迹中的典范，它以气势宏大，古迹众多，灵验的风水宝地而吸引了许多前来参观与朝拜的游客。但能仁寺有一条与别的景区寺庙不同之处是：寺内没有香火，这是为了更好地净化白云山“市肺”的空气，同时也为了杜绝山火隐患。
