朱清时院士不囿于门户之见，在科学和教育方面做出了贡献，同时以开放的胸襟进行不同方向的探索，这种追求真理的精神令人崇敬。但是通过了解朱院士“科学步入禅境”、“量子佛学”、“真气和气脉”等有关讲座内容，认为朱院士在认知上有以下局限和误区：
一、禅境的前提是基于戒和善的道德基础，如果戒与善没有达到相应程度，慧是极其危险的。佛教的根本是清净，并不是知见。道高一尺，魔高一丈，朱院士只看见心能转境，却没有顾及境相中显现出的某些问题，由这些问题本来应该返觉慧是否走上了歧路。
二、量子和佛学中的诸法实相不是一回事，量子属于有相，朱院士在讲解中分解了能和境，把量子学说中观察和事物的关系混淆成为佛教中的阿赖耶识自体自证，其实意识参与在根本上不同于识变现。
三、佛教中的开示是依幻解幻，是依无明而立方便假说，不可执著为实。佛说因缘是针对有些人执著自然之有，所以因缘并非实义。佛说妄为明觉，生山河大地，是依无明而说，而在另外的场合，佛又说五蕴六入十八界都是妙真如自性。朱院士不仅把因缘性空和缘生之法执著为实在，同时因为解空不彻底，不能真实领会色即是空的道理，于是在观念习气上需要法相宗来落实自己所执著的脱离了空的有，忽视了唯识宗五位百法中的六无为法。还有类似的误解，一切唯心造其实是对执物者来讲的，也不是真实义。
四、朱院士所说的意识这个概念非常模糊，其实是第六识、第七识、第八识、意生身等名相的混合。量子意识这个概念，既不符合目前的科学，又不符合佛教。阿赖耶识的轮回，这其实也是一个不符合佛教的说法。
五、朱院士所说的真气、经络、神经元、禅定等等，都局限在身体感受的范围内，所以往往和大脑纠缠不清，这就局限了认知范围和清晰程度，导致心物混杂，身心混杂。
量子与意识、佛教的关系虽然是时髦话题，其实彼此距离很遥远。朱院士对于佛教的理解还是带着浓郁的科学色彩和明显的科学立场，表现出了科学思辩思维的浓重痕迹。而朱院士的禅定，由于有科学的生物学的先在立场，仍然还是局限于身体的界限内。
