律令制下的寺院与僧尼和铜三年三月，元明天皇从藤原宫迁都平城宫，由此开启了奈良时代。在平城京的都城布局中，寺院是重要的构成要素。养老四年八月，右大臣藤原不比等病重，元正天皇命令“都下四十八寺一日一夜读药师经”，祈愿藤原不比等病愈。虽然无法知晓“都下”的48所寺院是否都位于平城京内，但可以想象平城京内建有相当数量的寺院。随着平城的迁都，原位于藤原京或飞鸟地区的药师寺、大官大寺、飞鸟寺等官治寺院相继迁移至平城，寺院名或依旧寺名或改称，分别为药师寺、大安寺、元兴寺等。此外，葛城寺、纪寺等氏族寺院也迁至平城。除此以外，平城京内的新建寺院也是不断涌现，例如被称为南都七大寺之中的东大寺、兴福寺、西大寺以及鉴真的唐招提寺等，还有贵族或官人新造的氏寺也不在少数。
律令制下的寺院，创建之后，如果得到朝廷授予的“题额”，即意味着其存在获得了国家的认可，可以合法地拥有土地，即寺田。由于令制没有限定寺院占有土地的具体数量，因此在奈良时代的初期，寺院尽可能地多占土地，其数无限。针对这种寺院滥占土地的现象，和铜六年十月，元明朝廷宣布限制寺院持有寺田的面积，如果寺田的面积超出规定，那么超出部分就要被没收。然而，为了占有土地，获得经济利益，各地相继出现了不少有名无实的寺院，有的寺院在草堂营造刚刚动工之际，就争先恐后地向朝廷请求“额题”，而寺院设施尚未完成，仅装饰了幢幡之后，即开始占有土地；有的寺院不修房舍，“牛马群聚，门庭荒废，荆棘弥生”，佛像饱尝尘灰，佛典受尽风雨；有的寺院虽然堂塔皆成，但既无僧尼居住，也未闻礼佛之声，檀越之孙总握土地权，用以养自己的妻儿，而不供养众僧。灵龟二年五月，元正天皇宣布寺院合并令，以消除有名无实的寺院，并要求寺院对其所有的财物、田园建立账簿，以便于国司、国师、众僧和施主的共同检校。养老五年，元正朝廷命令东海道、东山道、北陆道、山阴道、山阳道、南海道六道的按察使以及大宰府巡查其所辖行政区域内的寺院，推动寺院合并令的实施。
此外，令制明确禁止寺家买地。令制规定：“凡官人、百姓并不得将田宅园地舍施及卖易与寺。”但是，寺家买地现象屡见不鲜。135天平十八年三月，圣武朝廷对京畿内寺院买地的违法行为严加禁止；五月，朝廷又宣布“禁诸寺竞买百姓垦田及园地永为寺地”之令。天平胜宝元年七月，孝谦朝廷对各寺院拥有的垦田数量作了上限的限制，多至4000町，少至100町。然而，中央政权的诸项措施似乎见效甚微，寺家买地的行为仍然屡禁不止。延历二年六月，桓武朝廷再次发令严惩卖地给寺院的官人以及姑息寺家买地的官司。除了寺院以外，佛教传播的另一个关键要素是僧尼。在律令制国家，僧尼是一种社会身份。关于俗家人成为僧尼的资格、手续等，律令没有规定，但是僧尼的剃发出，必须得到官司的许可，即官度。如果“私作方便，不由官司出家”，则为私度僧。依照令制规定，不仅私度僧本人，而且私度僧的师父及其所在寺院的僧官等知情者都要被勒令还俗，除此以外还要受到刑律上的惩罚，“户婚律云：私入道及度之者，杖一百，已除贯者徒一年；寺三纲知情者，与同罪者”。官度的僧尼出家后，其名被登录在僧尼名籍，同时从户籍消名。僧尼名籍是记录僧尼出家年月、修业年数及德业等内容的籍簿，由京职及诸国的国司作成，每六年更新一次，一式三份，一份保留在京职或国司，一份送中务省，一份送治部省。僧尼名籍送往中务省，只是为了“拟御览而已”，而真正主管佛寺及僧尼名籍的中央官司是治部省的玄蕃寮。
有志成为僧尼的在家人--被称为优婆塞、优婆夷的在俗佛教信者，首先要经过净行阶段，即在师父的指导下，学习读经、诵经等学业。优婆塞、优婆夷的净行时间长短不一，根据正仓院文书保留下来的数多的优婆塞贡进文书，最长的净行时间甚至达到20年以上。优婆塞、优婆夷的修业内容也各自不同，以籍贯为山背国爱宕郡贺茂乡冈本里的鸭县主黑人的修业为例，鸭县主黑人11岁开始修行，至天平六年时，年龄23岁，净行8年，修业读经、杂经和诵经，其具体内容分别如下：当优婆塞、优婆夷的识经论的程度堪比僧尼之时，即可申请得度出家。经过道俗（寺院的僧人或官司的官人等）的推举，达到得度水平的优婆塞、优波夷的名字作为“度人”上报给主管官司机构，由官司依据“度人”的才能或修行，最后确定得度者的名单。优婆塞、优婆夷在净行期间，所修学业的具体内容，律令制国家本来是不过问的，但是天平六年十一月，圣武朝廷规定：“度人”必须能够背诵《法华经》或《最胜王经》1部，并且修得礼佛的仪式，净行3年以上，才能被推举得度。《法华经》全称《妙法莲华经》，《最胜王经》全称《金光明最胜王经》，两部佛典作为护国经典受到律令制国家的重视，天平十三年的国分寺、国分尼寺的佛教政策就是以《最胜王经》和《法华经》构筑护国体制的。
僧尼得度出家之时，被授予由治部省发行的证书，以证明其僧人身份。治部省授予僧尼的公验有三种，即得度公验、受戒公验和受位公验，分别于僧尼得度之时、受戒之时、受师位之时给予，每当授予新的公验时，收回旧的公验，并且在旧公验上面注明“毁”字。如果僧尼死去或者犯罪还俗，其公验随之被收回销毁。此外，入师位、迁寺或还俗者的公验也要被收回，而且在其公验的纸后，具体注明收回的原因，加盖官印，放在治部省保管。除了治部省官僚机构以外，律令制国家对僧尼的统制还采用僧官制度。首先，在佛教界的内部，设置僧纲管理和教导僧尼。僧纲由僧正、僧都和律师构成，僧都又有大僧都、少僧都之分。令制规定，僧纲必须是“用德行能化徒众，道俗钦仰，纲维法务”的僧侣，一经任命，除非其犯有过错受到十日苦役以上刑罚或者因年老病弱而无法胜任者，否则不得撤换。僧纲由京内诸寺僧人推举，天皇任命，常住药师寺。其次，在地方诸国设置国师，负责管理和教导其国内的僧侣，以及检校其国内寺院的财物等。国师创设于大宝二年，其在任年限等同于俗官，延历三年五月，桓武天皇发布敕令，国师的在任年限以6年为限。再有，每一寺院内实施三纲制，即上座、寺主、都维那，统率寺院内的僧侣以及管理寺院的事务。
与俗家人的待遇相比，律令制国家对僧尼采取了一定的优遇措施，如免除僧尼的课役等。但是在体现佛教普济众生思想的社会实践活动以及僧尼的日常生活方面，律令却作了诸多的规定。根据僧尼令，原则上，僧尼须常住在寺院内，为国家祈祷及进行教学钻研，如若僧尼为了精进练行要出外乞食或者欲居山林禅行修造，则须僧尼所在的寺院的三纲连署，然后在京寺院经僧纲、玄蕃寮，地方诸国寺院经国郡司上报治部省，获得许可后，才能付诸实现，不过居山林修行者的行动依然受到当地官人的监督，不能随意离开修行的地点；禁止僧尼借天文灾异现象批评国家的政策，使得百姓动摇；禁止僧尼在寺院之外，设立道场，聚众说法以及擅说罪福的因果；禁止僧尼饮酒、食肉、服五辛；除特定的场合，僧尼不得互入对方的寺院；禁止僧尼房中留宿异性；禁止僧尼焚身舍身等等。这些限制规定反映出律令制国家在运用佛教的护佑王权思想的同时，抑制佛教集团及僧尼偏离王权轨迹的可能性，以确保佛教从属于王权。
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